Kromě jiných doktrín akceptoval Kalvín katolickou a biblickou víru ve věčné panenství Panny Marie.
Jan Kalvín měl na dějiny pozdějšího protestantismu pravděpodobně ještě větší vliv než jeho zakladatel Martin Luther. Zachoval mnoho tradičních názorů, ať už doslovných, nebo katolických ve své podstatě. Následující citáty byly převzaty (kromě posledních dvou) z jeho díla Instituce učení křesťanského náboženství.
- Kalvín věřil, že církev má moc exkomunikovat: „Církev zavazuje toho, koho exkomunikuje, ne tím, že ho uvrhne do věčného zoufalství, ale tím, že odsoudí jeho život a jednání. Církev exkomunikovaného napomíná, že pokud nebude činit pokání, bude odsouzen.“ V tomto případě se církev snaží o to, aby byl exkomunikovaný odsouzen. (IV, 11: 2)
- Kalvín věřil, že mimo církev není spásy: „Mimo církev nelze očekávat žádné odpuštění hříchů, žádnou spásu…“ (Institutes, IV, 1: 4).
- Kalvín věřil, že svaté přijímání jednou týdně je minimum: „Svátost by mohla být slavena nejvznešenějším způsobem, kdyby se v církvi podávala velmi často – alespoň jednou týdně.“ (IV, 1). (IV, 17:43)
- Kalvín věřil v primát svatého Petra jako vůdce apoštolů: „Není senátu bez konzula, není soudní stolice bez předsedy nebo kancléře, není školy bez děkana, není společnosti bez mistra. Nebylo by tedy absurdní připustit, že apoštolové Petrovi právě takové prvenství přiznali.“ (IV, 6,8)
- Kalvín uznal nadřazenost římské církve v raných křesťanských dějinách: „Nechci popírat, že první křesťané shodně prokazují římské církvi velkou úctu a mluví o ní s úctou… a pevněji se drží učení, které bylo kdysi vydáno…“ (IV, 6,16).
- Kalvín věřil ve věčné trvání církve: „Stále věřím, že v církvi pravda nikdy nezanikne…“ (IV, 9,13).
- Kalvín nenáviděl denominace a sektářství: „Proto se církev nazývá katolická nebo všeobecná (Augustin, 48), protože dva nebo tři nemohou vzniknout, aniž by se Kristus rozdělil. A to je nemožné. Všichni Boží vyvolení jsou v Kristu tak sjednoceni, že jsou závislí na jedné hlavě…“ (IV, 1: 2).
- Kalvín se domníval, že svátosti vyvolávají skutečné, blahodárné účinky: „Tím, že jsou jimi poznamenány, udržují, živí, potvrzují a posilují naši víru.“ (IV, 14,7). „Svatým přijímáním těla a krve do nás Kristus přenáší svůj život a proniká do našich kostí a morku…“ (IV, 17, 10).
- Kalvín učil, že existuje něco jako svaté, posvátné místo: „Bůh … sestupuje, aby se nám přiblížil. Nemění své místo a nepůsobí na nás pozemskými prostředky, ale spíše nás pozvedá ke své nebeské slávě…“ (IV, 1,5).
- Kalvín věřil, že člověk může být prostředníkem či zprostředkovatelem spásy: „Svatý Pavel si na několika místech připisuje titul Božího spolupracovníka (1 Kor 3,9)“ (IV, 1: 6).
- Zdá se, že Kalvín přijal pojem křestního znovuzrození: „…odpuštění, kterého se nám při prvním znovuzrození dostává pouze křtem. Naše hříchy byly vyběleny Kristovou krví“. (IV, 15: 4)
- Kalvín schvaloval umrtvování těla jako duchovně prospěšné: „Tak jako se dříve obvinění měli ve zvyku pokořovat, nosit hrubé a drsné oděvy, truchlit a postit se, tak nepochybně tyto úkony patří stejně i do naší doby, kdykoli to stav našich věcí vyžaduje.“ (IV, 4). (IV, 12,17)
- Kalvín věřil, že mezi svatou eucharistií a spásou existuje hluboká příčinná souvislost: „Samo tělo, v němž žije, nám dává život, abychom měli podíl na nesmrtelnosti. Tímto pokrmem jsou věřící vzkříšeni k věčnému životu“. (IV, 17, 8); … pokrm věčného života.“ (IV, 17, 19); … eucharistie zajišťuje nesmrtelnost našich těl. (IV, 17, 32)
- Kalvín věřil, že antikoncepce je velkým hříchem: „Je hrozné promarnit život bez pohlavního styku mezi mužem a ženou. Úmyslné vyhýbání se čistému a úplnému pohlavnímu styku je dvojnásob hrozné. Takovým činem muž zmaří naděje své rodiny a zabije dceru nebo syna, kterého mohl očekávat. Tato hříšnost je velmi závažná a Duchem svatým odsouzená.
- Kalvín přijal katolickou a biblickou víru o Mariině věčném panenství: „[Mt 1,25:] Závěr, který Helvidius (autor díla napsaného před rokem 383 proti víře v Mariino věčné panenství) vyvodil z verše Mt 1,25, byl, že Maria zůstala pannou až do svého prvního porodu a že pak měla se svým mužem další děti. Podle Kalvína však z těchto slov nelze vyvodit žádný správný a dobře zdůvodněný závěr. Co se stalo po narození Krista? Je nazýván „prvorozeným“, ale toto označení slouží pouze k tomu, aby nás informovalo, že se narodil z panny. O tom, co se stalo potom, nás Helvidius již neinformuje.